En el contexto político de la época, Europa estaba marcada por la rivalidad entre las grandes potencias coloniales. España, bajo el reinado de Carlos III, buscaba consolidar su dominio en América del Sur frente a las ambiciones expansionistas de Portugal. La Colonia del Sacramento, fundada por el portugués Manuel Lobo en 1680, había sido un punto de conflicto recurrente, con ambos países reclamando su soberanía. Hacer pie en Colonia le daba a los portugueses presencia en la orilla oriental del Río de la Plata, algo que los españoles no veían con buenos ojos.

El tratado fue negociado por Francisco Inocencio de Souza Coutinho, en representación de la reina María I de Portugal, y el conde de Floridablanca, como delegado personal del rey Carlos III de España. Este acuerdo salvó para los españoles la ciudad de Colonia del Sacramento, la isla San Gabriel, en Sudamérica, más las islas de Annobón y Fernando Poo, en Guinea, a cambio de la isla de Santa Catarina. Ambos países desistieron de reclamar por las islas Filipinas y Marianas.

Un conflicto de larga data

El conflicto limítrofe entre ambas coronas había comenzado con el descubrimiento de América. En 1493 el Papa Alejandro VI concedió a España el dominio de todas las tierras, descubiertas y por descubrir, que estén situadas a cien leguas al oeste del Cabo Verde. En 1494 ambas potencias firmaron el tratado de Tordesillas, para fijar la línea divisoria a 370 leguas al oeste de Cabo Verde.

Los portugueses avanzaron por su territorio hacia el sur llegando a establecerse en la costa del Río de la Plata en el siglo XVII. En 1701 España reconoció el dominio de Portugal en Colonia mediante el tratado de Lisboa, pero la ocupó por la fuerza dos años después. En 1715 la devolvió, tal como lo reguló el tratado de Utrech. En 1726, con el objetivo de marcar presencia en el territorio en disputa, Felipe VI ordenó fundar la ciudad de Montevideo. En 1762 los españoles tomaron parte en la guerra de los Siete Años en contra de Portugal, pero al año siguiente el tratado de paz incluyó la devolución de Colonia a Portugal. En 1766 Portugal ocupó por la fuerza Santa Tecla, Santa Teresa y Montevideo. España envió tropas comandadas por Francisco Everardo Tilly y Pedro de Cevallos. La expedición española recuperó los territorios usurpados.

La necesidad de dar una solución definitiva al conflicto obligó a ambas potencias a sentarse a la mesa de negociaciones. En esto tuvo su parte el destino, dado que la ronda de conversaciones fue posible a partir de la muerte de José I de Portugal, que no era partidario de hacerlo. El monarca fue sucedido por María I, que además era sobrina de Carlos III por parte de madre.

Las principales condiciones del tratado fueron:

* Paz entre ambos países.

* Ratificación de los tratados anteriores

* Liberación de prisioneros de ambos bandos

* Demarcación de límites en la frontera

* Libre navegación de los ríos

El tratado de San Ildefonso alejó a los portugueses del actual Uruguay, pero sólo por unos años. En 1817 se adueñaron de la Banda Oriental y la llamaron Provincia Cisplatina, hecho que unos años después dio lugar a la Declaratoria de Independencia de la Provincia Oriental respecto del Brasil y la reunificación con las demás provincias argentinas. A raíz de ello, los brasileros declararon la guerra a las Provincias Unidas. El conflicto bélico condujo a la culminación del proceso de emancipación del Uruguay.