El 1 de marzo de 1903 el líder colorado José Batlle y Ordóñez fue elegido presidente de Uruguay. El nuevo presidente era hijo del ex mandatario Lorenzo Batlle. De profesión abogado y periodista, en su juventud Batlle y Ordóñez realizó un viaje a Europa, donde tomó contacto con las ideas reformistas que aplicaría cuando accedió al gobierno. Su obsesión era modernizar al país y afianzar un gobierno central fuerte y urbano, distinto a la estructura rural por la que pugnaba la oposición.

Batlle y Ordóñez alcanzó la primera magistratura del país gracias a un acuerdo alcanzado con una fracción del Partido Nacional liderada por Eduardo Acevedo Díaz, antiguo colaborador de Saravia, al que se refirió en duros términos, afirmando que: "no es más que un pobre gaucho, engreído y camorrista, antes que belicoso”.

El bando blanco encabezado por Aparicio Saravia, se levantó en armas sosteniendo la bandera del derecho al sufragio libre y la representación de las minorías, algo que no formaba parte de la agenda del nuevo gobierno. La gota que colmó el vaso fue la intención de Batlle de dejar sin efecto el Pacto de la Cruz, que había sido útil para dar por terminada la Revolución de 1897 y mediante el cual los blancos tenían el control de seis departamentos. La respuesta del bando saravista fue la movilización de miles de combatientes.

El mes de marzo de 1903 se inicia con la preparación de 15.000 combatientes blancos en el norte del país, donde Saravia tenía su base de operaciones. Por su parte el presidente Batlle dedicó el resto de ese año en mejorar las condiciones de combate del Ejército Uruguayo, dotándolo de fusiles Máuser, ametralladoras Colt y nuevos cañones.

El domingo 1 de noviembre de 1903 un grupo de brasileros, entre los que estaba Gentil Gomes, alteró el orden en Rlvera, por lo que fueron detenido por las autoridades. Al llegar la noticia a Brasil, unos 400 hombres armados encabezados por Ataliva Gomes, alcalde de Santa Ana do Livramento y hermano de uno de los detenidos, se movilizaron a la frontera. Ataliva exigió la liberación de los detenidos. Carmelo Cabrera, jefe político del departamento oriental, no cedió ante la prepotencia brasilera e informó al presidente Batlle, que envió al Ejército para darle respaldo.

Por la noche hubo un intercambio de disparos y en medio de la confusión Gentil Gomes fue puesto en libertad y huyó a su país. Las autoridades de Rivera dieron al asunto por concluido, por lo que solicitaron al gobierno central el retiro de tropas, pero la administración Batlle se negaba a hacerlo. Por tal motivo la cúpula blanca acordó que si para el 15 de enero de 1904 las tropas nacionales no se iban del departamento, habría un ultimátum a Montevideo.

Aunque hubo intentos por poner un freno, el conflicto escaló y la guerra fue inevitable, porque el presidente vio la oportunidad de terminar con la resistencia blanca a su plan de gobierno. Quedaba claro que para Batlle el incidente de los brasileros no fue más que un pretexto para hacer pie en un departamento controlado por la oposición. Unos 15.000 soldados blancos se enfrentaron a 36.000 efectivos militares, que ademas tener más y mejor armamento, contaban a su favor con dos recursos que fueron decisivos para la comunicación y la movilización de tropas: el telégrafo y el ferrocarril. La lucha civil de 1904 fue de las más violentas en la historia del Uruguay. A pesar de la superioridad numérica y tecnológica del ejército gubernamental, los blancos lograron resistir durante varios meses.

El 1 de septiembre de 1904 la localidad de Masoller fue escenario de la batalla decisiva. Aparicio Saravia resultó herido de gravedad. De inmediato la moral de sus seguidores pareció derrumbarse. El caudillo fue trasladado a una estancia en Brasil, donde fue asistido pero falleció diez días después. Muchos años después Jorge Luis Borges en su obra "El Aleph", cuenta la historia de Pedro Damián, que en su lecho de muerte delira sobre su participación en la batalla.

La muerte de Saravia y la derrota de los blancos marcaron el fin de la guerra civil. El Partido Colorado se afirmó en el poder y Batlle y Ordóñez pudo llevar adelante su plan de reformas modernizadoras. El ciclo batllista había comenzado.